《忍者好小子》把校園喜劇和忍者冒險融合在一起，明快的打鬥節奏穿插青春期的各種尷尬與幽默，主角在一次次考驗中慢慢理解責任的重量，而「不能讓人發現真實身分」的緊張感，以及友情之間的信任拉鋸，也成為全劇最吸引人的看點。
故事發生在諾里斯維爾高中，這所學校近八百年來始終藏著一位忍者守護者，每四年交棒一次。古老的誓約把校園與神祕力量緊緊相繫，這回，繼承這份使命的竟然是誰都想不到的人選。
九年級新生蘭迪·卡寧漢就這樣被選為新一代忍者。他一方面要應付課業與校園日常，另一方面得扛起保護全校師生的重任。他的敵人包括一名曾遭初代忍者以永恆之眼封印的邪惡巫師，巫師利用人性軟弱，蠱惑凡人變成怪物四處作亂，藉機逃出禁錮；此外還有個瘋狂的億萬富翁，同樣對忍者心懷不軌。
蘭迪不但要阻止敵人引發的混亂，還得時刻繃緊神經，別讓自己忍者身分曝光。在同學、朋友和老師面前，他必須假裝若無其事；一回頭，卻得在暗處與怪物和陰謀對抗。這種兩面生活讓他忙得暈頭轉向，也一步步把他的勇氣逼到極限。